Das blaue Wunder
Die Saison 98/99 beginnt ganz gut. Am sechsten Spieltag stehen die Kickers auf dem dritten Tabellenplatz, Trainer Linz redet seiner Mannschaft aber jegliche Spitzenqualitäten ab. Nach drei Niederlagen in Folge rutscht das Team bis zur Winterpause auf Rang acht ab und Trainer Linz fordert Neuzugänge. Diese werden ihm gewährt, trotzdem fällt das Team weiter ab. In der Winterpause geht mit Geschäftsführer Jacob der stärkste Befürworter des Trainers und Andreas Kleinhansl wird als neuer Manager verpflichtet. Nach sechs Niederlagen in Folge geht der Weg nach unten, der Abstand zu den Abstiegsplätzen schrumpft, der Trainer steht auch ob seiner mangelnden Saisonplanung in der Kritik. Vier Spiele vor Ende der Saison macht der Vorstand einen Schlussstrich: Paul Linz wird entlassen, Amateur-Interimstrainer und Kickers-Legende Ralf Vollmer wird Interimscouch. Trotzdem holen die Kickers nur noch ein Pünktchen und schaffen gerade so den Klassenerhalt. Zoltan Sebescen verlässt die Kickers nach 18 Jahren und wechselt zum VfL Wolfsburg zu seinem Ex-Trainer bei den Kickers, Wolfgang Wolf. Einige Wochen später debütiert er für die Deutsche Nationalmannschaft gegen die Niederlande.
Die letzte Saison des auslaufenden Jahrtausends wird zum absoluten Höhepunkt. Mit dem neuen "Regionalkonzept" im Rücken wird Michael Feichtenbeiner als neuer Trainer verpflichtet. Der ehemalige Co-Trainer der Kickers versucht vergeblich der Mannschaft die Viererkette und modernen Fußball einzutrichtern. In der Liga läuft es nicht rund, dafür aber im DFB-Pokal. Nach einem spektaktulären 3:1 Sieg gegen den Tabellenführer der Bundesliga, Borussia Dortmund zieht man nach weiteren Siegen gegen die 
Bundesligisten Arminia Bielefeld und dem SC Freiburg ins Pokalhalbfinale ein. Gleichzeitig wird die Lage in der Liga im prekärer. In der Winterpause droht die offene Eskalation: Trainer Feichtenbeiner wirft die Spieler Markus Sailer und Alexander Malchow aus dem Kader. Nach dem äußerst unglücklichen Aus beim SV Werder Bremen in der Verlängerung kommt auch das Aus für Trainer Feichtenbeiner. Viel zu lange hält der Vorstand an ihm fest, dafür kommt aber überraschend ein echter PR-Mann zu den Kickers: Dragoslav Stepanovic. Stepi schafft mit den Blauen fast das Unmögliche. Doch nach einem Unentschieden in Karlsruhe am letzten Spieltag und dem Ausgleichstreffer des direkten Konkurrenten FC St. Pauli in der 90. Spielminute müssen die Kickers absteigen. Allerdings nur für zehn Tage. Am "Blauen Montag" erreicht die Kickers das "Blaue Wunder": Tennis Borussia Berlin erhält keine Lizenz und muss in die neugeschaffene zweigleisige Regionalliga absteigen. Die Kickers bleiben der Zweiten Bundesliga erhalten. Diese Freude ist allerdings trügerisch. Die Hypothek der späten Planung ist zu groß. Die Kickers müssen trotz einer Rückkehr des des früheren Aufstiegstrainer Rainer Zobel in die Drittklassigkeit absteigen. Ein weiteres Blaues Wunder bleibt aus.
Fortsetzung: Abstieg und Zwangsrealismus